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将多个蛋白质元件装配到大分子复合物低温电子显微镜图像的方法被F1000推荐
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  2011-07-20 | 编辑:文\生物\医学研究部

  张世华与其合作者在2010年发表在生物信息学领域的旗舰杂志Bioinformatics的题为“A fast mathematical programming procedure for simultaneous fitting of assembly components into cryo-EM density maps”的论文,系统地引进了将多个蛋白质三维结构元件一起装配到大分子复合物的低温电子显微镜(cryo-EM)图像中的最优化方法。在该论文中,作者首先通过降维技术得到电镜图像和各蛋白质结构的有限个特征点的表示,之后进一步提出了一个二次规划模型来完成特征点集的匹配。这里不同于一般特征点匹配的关键点在于需要将多个特征点集与一个大的特征点集进行匹配。同时,作者还提出了对解进行选择的打分函数和修正方案。

  评审人认为该文“提出了新颖(novel)的方法”,“描述了一个重要的问题(describe an important problem)”,“结果是给人印象深刻的(impressive)”。文章刊登后不久,即获得了“Faculty of 1000 Biology ”(简称F1000)的推荐。来自美国北卡罗来纳大学教堂山分校(University of North Carolina at Chapel Hill)的F1000专家Nikolay Dokholyan教授对文章进行了点评,认为“作者发展了一种新颖(novel)方法,它可以快速的将多个蛋白质结构同时装配到电镜图像中去。这一方法在速度上有着本质的提高(significant speed improvement)……。” F1000是一个生物领域著名的在线科研评价系统,提供对近期发表的生物科学论文的快速评论。该机构专家根据论文对当前世界生物医学和临床实践的贡献程度和科学价值,每年对全球SCI文章总数不足千分之二的优秀精品生命科学和医学论文进行推荐和点评,并赋予“F1000论文”称号向科学界推荐,是一项很高的学术荣誉。

  张世华博士进一步研究了他与合作者于2008年提出的评价网络模块结构的全新指标——模块化密度【Modularity Density (D)】 (Physical Review E, 2008);提出了求解该指标的谱分解方法,证明了D与谱分解之间的联系,从另一个侧面证实这一指标的可解释性,以及可解性(BMC Systems Biology,2010)。他还与合作者设计了一个基于回归模型的活性通路识别算法,该方法被刊登在BMC Bioinformatics (2010)上,论文刊登后被杂志标识为‘Highly accessed’的论文。 这一研究成果还被国际生物信息学顶级会议ISMB接受为口头报告。作为国际计算生物学协会(ISMB)的主题会议。ISMB是其领域内的旗舰学术会议,每年吸引大约一千四百余人参加。

  

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