2010年11月，中国科学院根据国务院第105次常务会议精神，成立中国科学院国家数学与交叉科学中心（交叉中心）。时任国务委员刘延东在成立大会上指出交叉中心“要围绕国家战略需求，瞄准世界科技前沿，着力加强基础研究，促进学科交叉融合，努力解决影响未来发展的重大科学和关键技术问题，为国家现代化建设提供坚实科技支撑。”

在中国科学院与相关单位的持续支持下，交叉中心围绕国家战略需求，瞄准世界科技前沿，在数学与信息技术、材料能源、先进制造、生物医学、经济金融、物质科学等领域组织布局了一批重大研究专题，取得了多项重大进展和突破，产生了数学与系统科学若干新的生长点，促进了若干学科难题的解决与数学及交叉学科的发展，为推动我国自然科学、工程技术和经济社会等各学科的发展做出了重要贡献。此外，作为首个面向全国的数学与交叉应用的重要机构（或者学术单元），交叉中心在不断探索中逐步搭建起与各领域科学家、企业家和数学家交流合作的有效平台、在凝聚和培养交叉型人才、体制机制创新等方面也发挥了重要的示范作用。

2023年4月，交叉中心组建了新一届领导班子，重组了六个交叉研究部，成立了新一届交叉中心学术咨询委员会，确定了未来的主要任务。交叉中心将遵循成立宗旨，继续为我国数学与交叉科学的发展做出贡献。